싸이토젠, 코스닥, 217330 /투자주의 / 적자연속, 전환사채·지분희석·담보 리스크

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2010년 설립(법인 전신 기준)된 CTC(순환종양세포) 기반 액체생검·정밀의료 전문기업으로, 서울 송파구 문정동(문정 SK V1 GL 메트로시티)에 본사를 두고 있습니다. 미국 자회사 싸이토젠헬스와 CLIA Lab ‘엑스퍼톡스’, 국내 산전·산후 진단기업 ‘지놈케어’ 등 3개 내외 종속회사를 통해 글로벌 정밀의료·진단 서비스 사업을 전개하고 있습니다.

1. 최근 주가 급등(2025년 12월) 배경

1) 직접적인 촉발 요인 – ‘동물대체시험법’ 테마

2025년 12월 19일, 싸이토젠은 장중 20% 이상 급등했습니다. 바로 전일 송옥주 의원이 「동물대체시험법의 개발·보급 및 이용 활성화에 관한 법률안」을 대표 발의했고, 이 법안이 인공지능 시뮬레이션·오가노이드·인실리코 등 동물대체시험 전환 기술을 적극 지원하는 내용을 담고 있습니다. 이로 인해 오가노이드·동물대체시험 관련주로 분류된 싸이토젠에 매수세가 유입되면서 급등했다는 분석입니다.

싸이토젠은 CTC 기반 액체생검 기술에 더해, 오가노이드(장기유사체) 기반 맞춤항암제 선별 기술을 개발 중이라 동물대체·오가노이드 테마에 자연스럽게 묶였습니다.

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2) 중장기 모멘텀 – 실적 턴어라운드 기대

2025년 3분기 누적 기준 연결 매출은 195억원으로, 전년 동기 대비 266% 증가하며 창사 이래 최고치를 기록했습니다.

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2024년 산전·산후 진단 전문기업 지놈케어(지분 99.88%) 인수 후, 난임·출산 장려 정책과 맞물려 산전·산후 진단 매출이 크게 늘면서 실적 개선을 이끌고 있습니다.

이 때문에 단순한 테마성 급등만이 아니라, “실적 성장 + 동물대체시험/오가노이드 정책 수혜 기대”가 겹친 구간에서 수급이 폭발한 것으로 보는 것이 자연스럽습니다.

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3) 경영권 분쟁 해소 효과

2023~2025년 동안 5회차 전환사채(CB)를 둘러싼 경영권 분쟁, 전환금지 가처분 등 잡음이 지속됐으나, 2025년 10월 법원이 CB 전환금지 가처분을 기각하면서, 시장에서는 경영권 분쟁이 사실상 마무리된 것으로 인식하고 있습니다.

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분쟁 리스크가 줄어든 시점에:

• 실적 급성장(지놈케어 + 엑스퍼톡스),
• 동물대체시험법 발의라는 추가 호재가 붙으면서
• 투자자들의 공격적인 모멘텀 매수 → 급등으로 이어진 흐름입니다.

2. 싸이토젠의 주요 테마·이슈 정리

공식 테마 분류에는 잘 안 잡히지만, 실제 뉴스·사업 내용을 보면 아래와 같은 테마와 연관성이 있습니다.

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액체생검(CTC)·정밀의료 테마

혈액 속 순환종양세포(CTC)를 분리·분석하는 SMART Biopsy™ 플랫폼 보유.

항암 신약 개발 시 임상환자의 CTC 분석·데이터 제공 서비스, 동반진단·정밀의료 사업으로 확장.

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미국 CLIA Lab·LDT(검사실 개발검사) 테마

2022년 미국 텍사스 CLIA Lab ExperTox 지분 100% 인수(약 730만 달러, 95억 원).

미국 LDT 규제 공백기에 한국 진단기업들의 미국 진출을 돕는 LDT 승인 대행·공동개발 서비스로 매출 확대를 노리고 있음.

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산전·산후·난임·출산장려 정책 수혜 테마

2024년 지놈케어(산전·산후 진단 전문) 지분 99.88% 인수(131.8억 원).

국가 난임·출산장려 정책과 맞물려 산전·산후 진단 매출이 증가, 2025년 실적 성장을 견인.

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동물대체시험·오가노이드·AI 테마

오가노이드 기반 맞춤 항암제 선별 기술 개발, 동물대체시험법 발의 수혜주로 부각.

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경영권 분쟁·사모펀드(PEF)·CJ 오너일가 관련 이슈 테마

2023년 말 엑셀시아캐피탈코리아가 설립한 SPC ‘캔디엑스홀딩스’를 통해 총 1,155억 원(구주 600억 + 유상증자 400억 + CB 155억) 투자, 경영권 확보.

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초기에는 CJ 오너일가 회사 ‘재산홀딩스’가 3자배정 유상증자·CB 인수 주체로 공시되면서 CJ 관련주로 주목받은 적도 있음(후에 구조 변경).

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정리하면, 공식 테마 분류에는 비어 있지만 실제로는 “액체생검·정밀의료 + 동물대체시험·오가노이드 + 산전·산후 진단 + PEF·경영권 분쟁” 등 여러 복합 테마가 얽힌 종목입니다.

3. 회사 일반 현황·사업 개요

1) 기본 정보

2) 사업 개요 요약

CTC 기반 액체생검 플랫폼

HDM Chip 기반 SMART Biopsy™ 장비(CTC 분리) + IF Stainer(염색) + Image Analyzer(이미지·유전자 분석)로 이어지는 통합 플랫폼.

미국 NIH, 뉴욕 CEPM, 일본 국립암센터 등과의 공동 연구를 통해 글로벌 레퍼런스 확보.

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미국 CLIA Lab 기반 독성·분자진단 서비스 (ExperTox)

2022년 말 미국 텍사스 소재 CLIA Lab 엑스퍼톡스 100% 인수.

기존에는 독성검사 전문 랩(CAP 인증)으로, 인수 후 싸이토젠의 분자진단·암 진단 플랫폼을 접목해 미국병원·제약사를 고객으로 하는 서비스 확장.

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지놈케어 – 산전·산후·난임 관련 진단 서비스

2024년 지놈케어 지분 99.88% 인수(131.8억 원).

NIPT 등 산전·산후 유전자 진단 서비스 + 난임 부부 지원 정책 수혜. 2025년 실적 성장의 핵심 동력.

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정밀의료 및 오가노이드 사업

오가노이드 기반 개인 맞춤 항암제 선별 기술, AI 분석 접목 등으로 “치료제 선택 + 예후 모니터링” 영역까지 확장 중.

4. 연결 재무제표 요약 (지난 3년, 단위: 백만원)

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해석 포인트

매출은 3년 연속 급증(8억 → 32억 → 109억)이나, R&D 및 해외 진출 비용으로 지속적인 대규모 적자 상태.

2023~2024년 PEF 유치·CB 발행으로 자본총계가 급증하고 부채비율이 600% → 40~50%대로 크게 개선된 것이 눈에 띕니다.

5. 매출 구조 (사업부문별)

1) 2022년 (연결 기준, 단위: 백만원 / %)

2022년 매출 8억원(800백만원) 중 사업부문 비중은 아래와 같이 공시·리포트에서 제시됩니다.

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2) 2023년 (연결 기준, 단위: 백만원 / %)

2023년 매출 32억원(3,200백만원) 중 엑스퍼톡스(미국 CLIA Lab) 매출이 23억 원으로 전체의 72.8%를 차지했다는 분석이 있습니다.

3) 2024년

2024년은 사업보고서에 상세 구성이 있으나, 공개 기사 기준으로는:

지놈케어 산전·산후 진단 서비스 매출 비중이 절반 이상 수준까지 확대,

엑스퍼톡스 독성·분자진단 매출과 CTC 연구·정밀의료 서비스가 나머지를 구성하는 구조로 요약됩니다.

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6. 대주주 지분 구조

1) 현재 지분 구조 (2025년 12월 기준)

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2) 과거(PEF 투자 전, 2023년 기준) 주요주주

2023년 기업리서치 리포트 기준 과거 지분 구조:

이후 2023년 말 캔디엑스홀딩스(엑셀시아캐피탈코리아 PEF)가 구주(전병희 측·어센트바이오펀드 보유분)와 신주(CB·유증)를 대거 인수하면서 최대주주가 변경되었습니다.

7. 대주주 약력 – 전병희, 캔디엑스홀딩스

1) 전병희 (창업자·대주주)

1959년생.

서울대학교 기계설계학과 졸업, 동 대학원 박사(기계공학) 과정 출신.

삼성전기 전략기획실 자문 등을 거치며 반도체·마이크로 구조 설계 역량을 쌓은 뒤, 2010년 CTC 기반 액체생검 기술 상용화를 목표로 싸이토젠 창업.

혈액에서 살아있는 CTC를 분리·분석·배양하는 HDM Chip 관련 국내·해외 특허 70여 건 이상 등록 및 출원에 주도적으로 참여.

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2024년 지놈케어 인수 과정에서 일부 이사진과 갈등이 표면화되어 경영권 분쟁이 촉발되었고, 각자 대표에서 물러나는 등 직책 변동이 있었으며, 이후에는 CandyX와의 협업 구조 속에서 이사로서 기술·사업 방향에 관여하고 있는 형태로 이해할 수 있습니다.

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요약: 기술 중심 창업자이자 핵심 특허·기술을 쥐고 있는 인물로, 지분 14.46%를 직접 보유하면서도, 현재는 PEF와 공동 경영 구조에 있는 ‘기술 창업자 + 2대 경영자’의 성격.

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2) 캔디엑스홀딩스 (CandyX Holdings)

운영주체: 한국계 사모펀드 운용사 엑셀시아캐피탈코리아가 조성한 PEF(예: ‘엑셀시아 코리아 챔피언 펀드’)가 지배하는 SPC(특수목적법인).

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투자 구조

2023년 12월 기준, 싸이토젠에

구주 인수 600억 원(전병희 측·어센트바이오펀드 지분),

3자배정 유상증자 400억 원,

제5회차 CB 155억 원

등 총 1,155억 원 규모 투자를 집행.

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투자 이유(추론)

CTC 액체생검, 미국 CLIA Lab, 산전·산후 진단 등으로 확장 가능한 정밀의료·진단 플랫폼 보유.

R&D 비용 부담으로 적자가 크지만, CLIA Lab·지놈케어 인수로 매출 성장성이 뚜렷해진 시점에서 ‘자본 재구조화 + 성장투자’를 동시에 할 수 있는 딜.

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사업 방식

PEF 특성상 일정 기간 내 기업가치 상승 후 엑시트(매각/재상장/전략적 제휴)를 목표로 합니다.

싸이토젠의 경우 지분 + CB를 통해 경영권을 확보하고, 미국·일본에서 플랫폼 레퍼런스 확대, 지놈케어 등 M&A를 통한 포트폴리오 확장, 재무구조 개선 및 적자폭 축소를 통해 향후 M&A 또는 전략적 파트너십 엑시트를 노리는 전형적인 성장·턴어라운드 투자로 볼 수 있습니다.

8. 상장 이력·자본 변동·특이 이벤트 정리

1) 상장 이력

2010년: 싸이토젠 설립.

2015~2016년: 코스닥 기술특례상장을 추진했으나, 적자·평가 이슈로 상장 연기·철회.

2018년 11월 22일: 코스닥 기술성장(특례) 상장으로 최종 상장, 공모가 17,000원.

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2) 주요 자본 변동·주요 이벤트 (연대기)

2018~2020년(상장 직후)

CTC 플랫폼 기반 R&D 지속, 매출은 수십억 원 미만, 연간 100억 원 안팎의 R&D비로 대규모 적자 지속.

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2021년

영업손실 -128억 원, 순손실 -133억 원 수준(기사 기준).

적자 누적으로 관리종목 편입 가능성이 제기되며 자금 조달 필요성이 커짐.

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2022년

9월: 무상증자 실시, 4회차 CB 전환가액 조정(주식매수선택권 정정 공시 주석에 언급).

12월: 미국 자회사 싸이토젠헬스를 통해 CLIA Lab 엑스퍼톡스 지분 100% 인수(약 95억 원), 이를 위해

자회사 유상증자 참여(약 91억),

자회사에 대여금 33억 등 총 124억 수혈.

결과: 2022년 연간 매출 8억 → 2023년 이후 엑스퍼톡스 매출이 연결에 반영되는 구조로 전환.

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2023년

5월~8월: 4회차 CB(300억) 일부 조기상환, 남은 잔액 약 104억, 2024년 만기 앞두고 유동성·풋옵션 리스크 부각.

9~11월: 제5회차 CB 300억 발행 결정 및 여러 차례 정정(투자자 변경, 조건 조정 등). 최초에는 엑셀시아캐피탈 → 재산홀딩스(이재환 회장 개인회사)로 인수 주체가 변경되며 CJ 오너일가 관련주 이슈가 발생.

12월 28일:

3자배정 유상증자 400억 + 5회차 CB 155억 등 총 555억 납입 완료,

기존 주주 지분 600억 인수까지 포함하면 총 1,155억 규모 딜 마무리 → 캔디엑스홀딩스 최대주주 등극.

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2024년

2월: 미국 CLIA Lab 기반 LDT·정밀의료 서비스 본격 마케팅(미국 병원·제약사 대상).

4월: 언론에서 “올해가 폭발적 매출 성장 원년”으로 평가되나, 여전히 순손실 100억대 언급.

7월:

이사회에서 지놈케어 지분 99.88%(131.8억) 인수, 지놈케어 모회사(테라젠이텍스)를 대상으로 65억 규모 3자배정 유상증자 의결.

이 과정에서 전병희 각자대표와 일부 이사진이 반대하며 경영권 내홍 본격화.

12월: 일부 주주가 제5회차 CB 전환금지·의결권 금지 가처분 소송 제기.

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2025년

3월~10월: 경영권 분쟁 관련 소송이 이어졌지만, 2025년 10월 법원이 CB 전환금지 가처분을 기각, 캔디엑스홀딩스 측 손을 들어주면서 경영권 분쟁은 사실상 캔디엑스홀딩스 승리로 정리.

2025년 3분기 누적: 매출 195억(전년 동기 대비 266%↑), 영업손실·당기순손실 대폭 축소.

12월 19일: 동물대체시험법 발의 수혜주로 20%대 급등(앞서 설명한 이벤트).

9. 상장 후 지속적 적자 구조 설명

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높은 R&D·임상·해외 진출 비용

CTC 액체생검은 아직 상용화 초입 단계로, 미국 NIH·CEPM, 일본 국립암센터 등과의 공동 연구·임상, HDM Chip·장비 개발, 미국 CLIA Lab 인수 및 운영, 지놈케어 인수 후 통합 과정등에 연간 100억 원 안팎의 비용이 들어가면서, 매출이 늘어도 손익 분기점에 도달하지 못한 구조입니다.

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CLIA Lab·지놈케어 인수의 양면성

장점:

엑스퍼톡스는 2023년 싸이토젠 연결 매출의 72.8%를 차지할 정도로 안정적인 매출원을 제공.

지놈케어 인수 이후 2025년에는 매출이 폭발적으로 증가(3분기 누적 195억).

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단점:

인수 대가(현금·유증·CB)로 인해 일시적으로 부채·자본 구조가 크게 요동.

엑스퍼톡스 자체도 2023년에는 8억 순손실로 적자 전환, 손익 개선에 시간이 필요.

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요약

싸이토젠은 꾸준히 매출은 키우고 있으나, 공격적인 R&D·M&A·해외 진출 비용 때문에 상장 후 계속 적자를 기록해왔고, 2025년 들어서야 매출 규모가 의미 있게 커지기 시작한 ‘늦게 피는 성장주’에 가깝습니다.

10. 전환사채(CB)·기타 부채 관련 자금 흐름

1) 4회차 전환사채(300억)

발행: 2019년경 300억 규모 4회차 CB 발행(구체 발행일·조건은 공시 참고).

2023년 6월 말 기준 약 62억 현금·현금성 자산만 보유한 상태에서, 2024년 5월 돌아오는 4회차 CB 300억(잔액 104억 수준)의 풋옵션(조기상환청구) 리스크가 크게 부각.

2023년 8월 일부(65.5억) 조기상환으로 잔액을 줄였지만, 여전히 유동성 우려가 있어 새로운 투자자 유치·CB 재구조화 필요성이 높아졌고, 이것이 5회차 CB·PEF 유치의 배경 중 하나로 작용했습니다.

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2) 5회차 전환사채(300억) – 캔디엑스홀딩스 딜의 핵심

2023.09 이후 제5회차 CB 300억 발행 결정이 수차례 정정 공시(투자자 변경, 조건 조정 등).

당초 엑셀시아캐피탈 → 재산홀딩스(이재환 회장) 등으로 인수주체가 변경되었다가, 최종적으로 캔디엑스홀딩스(엑셀시아 PEF 산하 SPC)로 귀결.

2023.12.28 기준,

신주 400억(유증) + CB 155억(5회차 일부) = 555억이 실제 납입 완료되었다는 공시가 있음.

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자금 흐름 해석

4회차 CB 만기·풋옵션 리스크 해소를 위해 새 CB(5회차) + PEF 투자 + 구주 매각을 패키지로 묶은 구조.

CB는 쿠폰·만기수익률 0%에 가까운 조건이지만, 전환가액 조정(리픽싱)과 전환기간을 통해 지분 희석이 큰 잠재적 리스크를 내포.

이 때문에 2024~2025년 일부 주주가 CB 전환금지·의결권 금지 가처분 소송을 제기했지만, 2025년 10월 법원이 가처분을 기각하면서 캔디엑스홀딩스 측 경영권이 유지되었습니다.

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3) 기타 – 지분담보 및 계열 CB

제이케이시냅스 27회차 CB 담보로 싸이토젠 주식 780,000주가 제공되었고, 2024년 6월 일부(18,290주)가 담보권 실행으로 반대매매된 공시가 있습니다.

이는 대주주 측 주식이 담보로 활용되고 있다는 신호로, 주가 급락 시 담보해소 매물이 나올 수 있는 위험요인입니다.

11. 지난 5년(2021~2025) 주요 이슈 교차분석

12. 이 회사와의 지배·지분관계가 있는 상장회사

현재 기준으로 싸이토젠이 지배하거나 싸이토젠을 지배하는 상장사(코스피·코스닥)는 없습니다.

종속회사: 싸이토젠헬스, 엑스퍼톡스, 지놈케어 모두 비상장사.

과거·현재 주요 주주였던 어센트바이오펀드, 캔디엑스홀딩스, 재산홀딩스 등도 PEF·특수목적회사로, 상장사가 직접 대주주로 들어온 구조는 아닙니다.

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다만, 지놈케어의 모회사였던 테라젠이텍스(코스닥 상장사)가 2024년 싸이토젠을 대상으로 65억 3자배정 유증에 참여했고, 그 대가로 지놈케어 지분을 싸이토젠에 매각하며 일시적으로 지분 관계가 형성되었습니다(현재는 지놈케어는 싸이토젠의 종속회사, 테라젠이텍스는 전략적 파트너에 가깝습니다).

13. 투자 시 핵심 체크 포인트 정리

지속적인 적자와 추가 자금조달 가능성

매출은 급증하고 있지만, 여전히 연간 100억 내외의 손실 구조(2024년 기준).

대규모 R&D·임상·해외법인 운영·M&A를 감안하면, 향후에도 유증·CB 등 추가 자금 조달 가능성을 염두에 둬야 합니다.

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전환사채·지분희석·담보 리스크

5회차 CB 잔존분, 향후 전환 시 대규모 주식 공급·희석 가능성.

일부 지분이 타 법인 CB 담보로 제공되어 있어, 주가 급락 시 담보해소 매물이 나올 수 있음.

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지배구조·경영권 리스크

PEF(캔디엑스홀딩스)와 창업자(전병희) 사이의 이해관계가 완전히 정렬되었는지, 향후 CB 전환·추가 자금조달 과정에서 기존 주주 권익이 어떻게 보호될지는 계속 모니터링 필요.

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사업 구조의 복잡성과 집중도

연결 매출 대부분이 엑스퍼톡스(독성·분자진단)와 지놈케어(산전·산후 진단)에 집중.

CTC 액체생검 본업이 아직 매출 비중은 상대적으로 낮으며, 이 부문 상업화 속도에 따라 회사의 장기 밸류에이션이 크게 달라질 수 있음.

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규제·정책 리스크와 기회(양면)

미국 LDT 규제, 국내 체외진단 규제, 동물대체시험법 등은 잘 풀리면 큰 성장 모멘텀, 반대로 규제가 강화되거나 정책 방향이 바뀌면 사업 모델 자체가 영향을 받는 구조.

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테마·뉴스에 따른 고변동성

동물대체시험법·오가노이드, CJ 오너일가, 경영권 분쟁 등 이슈성 뉴스에 따라 주가가 급등락해 온 이력.

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단기 매매보다는,

(1) 지놈케어·엑스퍼톡스의 실질적인 이익 창출,

(2) CTC 플랫폼의 상업화(동반진단·정밀의료 계약)

가 실제 숫자로 얼마나 이어지는지 보면서 단계적으로 접근하는 편이 리스크 관리에 유리합니다.

14. 정리

최근 급등 직접 요인: 동물대체시험법 발의로 인한 오가노이드·동물대체시험 테마 수혜.

중기적 배경: 지놈케어·엑스퍼톡스 인수 후 매출 폭증(2025년 3Q 누적 195억), 경영권 분쟁 해소로 리레이팅 기대.

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리스크: 상장 후 이어지는 대규모 적자, CB·PEF 구조로 인한 지분 희석·담보 리스크, 여전히 진행형인 규제·정책 변수.

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투자 관점:

테마·정책 모멘텀만 보고 접근하기보다는,

(1) 2025~2026년 실질 영업이익·현금흐름 개선 여부,

(2) 5회차 CB 전환·추가입금 등 자본정책,

(3) 대주주(캔디엑스홀딩스·전병희)의 중장기 전략

을 함께 보면서 장기 성장주 vs 테마·모멘텀주 중 어느 쪽에 더 가까워지는지 체크하는 것이 핵심입니다.